経過措置は2031年9月30日まで。2026年10月1日から70%に下がります

免税事業者など、インボイス（適格請求書）を発行できない相手からの課税仕入れは、消費税の仕入税額控除が全額はできません。経過措置として一定割合だけ控除できます。

先に結論だけ言うと、経過措置が使えるのは2031年9月30日までです。そして2026年10月1日から、控除できる割合が80%→70%に下がります。

「2029年9月で終わり」と覚えている方は、令和8年度税制改正で変わっています（後述）。

課税仕入れを行った日控除できる割合
〜2026年9月30日80%
2026年10月1日〜2028年9月30日70%
2028年10月1日〜2030年9月30日50%
2030年10月1日〜2031年9月30日30%
2031年10月1日〜控除できない

判定するのは課税仕入れを行った日です。請求書の日付でも、支払った日でもありません。

「80%の次は50%」と覚えている方へ

もともとの制度設計は 80% → 50% → 終了（2029年9月30日） の2段階でした。これが令和8年度税制改正で5段階に変わり、終了も2031年9月30日まで延びました。

改正前の資料やブログが今も大量に残っています。「2026年10月から50%」と書いてあるものは、改正前の内容です。社内の手順書やチェックリストが2段階のままになっていないか、この機会に確認してください。

出典：国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」／令和8年度税制改正特集

freee会計でどの税区分を選ぶか

freee会計には、経過措置の割合ごとに別々の税区分が用意されています。2026年10月1日以後の取引は、控80ではなく控70を選びます。

控除割合税率10%軽減税率8%
80%（〜2026年9月30日）課対仕入（控80）10%／コード189課対仕入（控80）8%（軽）／コード187
70%（2026年10月1日〜）課対仕入（控70）10%／コード234課対仕入（控70）8%（軽）／コード233
50%（2028年10月1日〜）課対仕入（控50）10%／コード190課対仕入（控50）8%（軽）／コード188
30%（2030年10月1日〜）課対仕入（控30）10%／コード258課対仕入（控30）8%（軽）／コード257

コードはAPIで取得した実測値です。画面上は名称で選ぶので、通常はコードを意識する必要はありません。

名称は末尾まで見てください。 税率の付かない「課対仕入（控70）」という区分も別に存在します（コード231）。「（控70）」まで合っていても、10%の仕入れに税率なしの区分を当てると税額が合いません。

ここで間違えやすいのは「190」です

コードが 189（控80）→ 190 と並んでいるので、190 が次の段階（控70）だと思い込みやすいのですが、190は控50です。控70は 234 という離れた番号に付いています。

当所も2026年9月に、社内メモでこの2つを取り違えていたのを見つけて訂正しました。番号順に並んでいるという思い込みで、一括置換や自動連携の設定を組むと、総額は合ったまま消費税の納付額だけが狂います。決算で気づくと遡って直すことになるので、名称（控70）で確認してください。

自動で経理の自動登録ルールを使っている場合

取引先ごとに税区分を固定するルールを組んでいると、10月1日以降も控80のまま登録され続けます。ルールの見直しは、10月に入る前に済ませてください。対象は「登録番号を持っていない取引先」だけです。

自動登録ルールを見直すべき状況は、freee「自動で経理」の自動登録ルールを止めるべき4つの状況にまとめています。

決算期が10月・11月の会社は、期の途中で割合が変わります

経過措置の割合は課税仕入れを行った日で決まるため、事業年度の途中で切り替わります。

たとえば10月31日決算の法人なら、同じ事業年度の中に「2025年11月1日〜2026年9月30日＝80%」と「2026年10月1日〜10月31日＝70%」が混在します。月次で税区分を正しく入れていれば計算は自動で合いますが、期末にまとめて入力している場合は、10月1日をまたいだ取引の区分を1件ずつ確認する必要があります。

新設された「年1億円」の上限に注意

令和8年度改正で、一の免税事業者等からの課税仕入れの合計額が、その年・その事業年度で1億円を超える部分には経過措置を適用できなくなりました（2026年10月1日以後に開始する課税期間から）。改正前は10億円です。

1億円は、外注比率の高い業種では届き得る水準です。免税事業者のまま取引を続けている大口の相手がいる場合は、年間の累計額を月次で見ておくことをおすすめします。上限に達しそうなら、取引条件の見直しや登録の相談を早めに始めたほうが選択肢が残ります。

あわせて変わるもの

  • 2割特例は終了します。 令和8年9月30日が属する課税期間までです。延長ではありません
  • 3割特例が新設されましたが、個人事業者だけです。 令和9年分・令和10年分の申告に限られ、確定申告書にその旨の付記が必要です。法人は令和9年以降、2割特例も3割特例も使えません
  • 少額特例（税込1万円未満はインボイス不要）は令和11年9月30日までで、変更ありません

10月までにやっておくこと

  1. 仕入先のインボイス登録状況を棚卸しする（国税庁の公表サイトで確認できます）
  2. 自動登録ルール・取引テンプレートで税区分を固定している箇所を洗い出す
  3. 免税事業者1者あたりの年間課税仕入額を集計し、1億円に届きそうな相手がいないか確認する
  4. 決算期が10月・11月の場合は、期中で割合が変わることを経理担当と共有する

当事務所について

グローブ税理士事務所は、freee会計に特化した税理士事務所です。記帳から買掛管理・振込データの作成・給与計算まで、経理部の機能をまるごとお預かりする「社外経理部」を提供しています。

この記事のような税区分の判定は、毎月の記帳の中で当事務所が行っています。この確認をご自身でされている経営者の方は、一度ご相談ください。